Rudolf Meyer studeerde protestantse theologie en promoveerde in de theologie in het Oude Testament. Zijn specialiteit werd de Hebreeuwse taal. In 1938 werd hij privédocent aan de Universiteit van Leipzig totdat hij op 26 augustus 1939 werd opgeroepen voor militaire dienst. Daarvoor verklaarde hij zijn medewerking aan het Instituut voor Onderzoek en Eliminatie van Joodse Invloed op het Duitse Kerkleven . In 1947 werd hij adjunct -professor en in 1948, als opvolger van Willy Staerk, hoogleraar Oude Testament aan de Friedrich Schiller Universiteit in Jena. Hier leerde hij generaties theologiestudenten Hebreeuws, de geschiedenis van het volk Israël en de theologie van het Oude Testament. Samen met president Kurt Scharf en hoofdinspecteur Walter Braun ontving hij in 1952 een eredoctoraat van de Theologische Faculteit van de Humboldt Universiteit in Berlijn.